MirGeneDB ID | Mml-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-19-P2a Mml-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cmi-Mir-19-P1a-v2 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Hsa-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mal-Mir-19-P1a2 Mdo-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Sto-Mir-19-P1a-v2 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Tni-Mir-19-P1a2 Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chr17: 73096406-73096463 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a) |
Mir-17-P1a
chr17: 73096120-73096179 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a chr17: 73096258-73096322 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr17: 73096406-73096463 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr17: 73096574-73096632 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a chr17: 73096709-73096769 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a chr17: 73096826-73096884 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUAAUAGUUUUUGUUUGCAGUCCUCUGUUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAGAAUGUAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGUGGCCUGCUAUUUCCUUCAAAUGAAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUAAUAGUUUUUGUUU-- U U --| U AAGAA GCAG CC CUGUUAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC G CGUC GG GGUAGUCAAAACGUAUC AACGUG UG A GUAAGUAAACUUCCUUUAU C U UA^ U AUGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mml-Mir-19-P1a_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0026596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-19a-5p |
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Mature sequence | Mml-Mir-19-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0002703 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-19a-3p |