| MirGeneDB ID | Dre-Mir-19-P1a1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-19-P1a2 Dre-Mir-19-P2a1 Dre-Mir-19-P2a2 Dre-Mir-19-P2c Dre-Mir-19-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Eca-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr1: 3297862-3297919 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a1) |
Mir-92-P1a1
chr1: 3297377-3297435 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a1 chr1: 3297494-3297555 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a1 chr1: 3297646-3297705 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a1 chr1: 3297862-3297919 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a1 chr1: 3298014-3298078 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a1 chr1: 3298149-3298209 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUUUUUUCUUUUGGUGCAGUUCUCUGCUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAAACGGGAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGUGGCCUGCUGCUUCUCCACGAUUCCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAUUUUUUCUUUUGGU-- UU U GC --| U AAGAA GCAG C CU UAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC A CGUC G GG GUCAAAACGUAUC AACGUG UG A ACCCUUAGCACCUCUUCGU CG U UA UA^ U AGGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -3 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dre-Mir-19-P1a1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dre-Mir-19-P1a1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0001782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-19a |
