| MirGeneDB ID | Gja-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-19-P2a Gja-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Eca-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mal-Mir-19-P1a2 Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Tni-Mir-19-P1a2 Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015159750.1: 119825-119882 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a) |
Mir-92-P1a
NW_015159750.1: 119406-119466 [-]
Mir-19-P2a NW_015159750.1: 119520-119580 [-] Mir-17-P4a NW_015159750.1: 119664-119722 [-] Mir-19-P1a NW_015159750.1: 119825-119882 [-] Mir-17-P2a NW_015159750.1: 119955-120019 [-] Mir-17-P1a NW_015159750.1: 120099-120159 [-] |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAACAUAGUAAUGUUUUGCAGUCCUCUGUUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAGAAUGUAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUUGUGGCCUGUUAUUGCCUACAUAAAACCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAACAUAGUAAUGUUUU-- U UCU --| U AAGAA GCAG CC GUUAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC G UGUC GG UAGUCAAAACGUAUC AACGUG UG A GCCAAAAUACAUCCGUUAU C UGU UA^ U AUGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gja-Mir-19-P1a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Gja-Mir-19-P1a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
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