| MirGeneDB ID | Mal-Mir-96-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-96-P1a Mal-Mir-96-P1b Mal-Mir-96-P2a Mal-Mir-96-P2b Mal-Mir-96-P3a-v1 Mal-Mir-96-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-96-P3 Aga-Mir-96-P3 Agr-Mir-96-P3 Ami-Mir-96-P3-v1 Asu-Mir-96-P3 Bfl-Mir-96-P3 Bge-Mir-96-P3 Bko-Mir-96-P3 Bla-Mir-96-P3 Bpl-Mir-96-P3 Bta-Mir-96-P3-v1 Cbr-Mir-96-P3 Cel-Mir-96-P3 Cfa-Mir-96-P3-v1 Cin-Mir-96-P3 Cja-Mir-96-P3-v1 Cli-Mir-96-P3-v1 Cmi-Mir-96-P3-v1 Cpi-Mir-96-P3-v1 Cpo-Mir-96-P3-v1 Cte-Mir-96-P3 Dan-Mir-96-P3 Dgr-Mir-96-P3 Dlo-Mir-96-P3 Dma-Mir-96-P3 Dme-Mir-96-P3 Dmo-Mir-96-P3 Dno-Mir-96-P3-v1 Dpu-Mir-96-P3 Dre-Mir-96-P3a-v1 Dsi-Mir-96-P3 Dya-Mir-96-P3 Eba-Mir-96-P3 Eca-Mir-96-P3-v1 Egr-Mir-96-P3 Ete-Mir-96-P3-v1 Gga-Mir-96-P3-v1 Gja-Mir-96-P3-v1 Gmo-Mir-96-P3a-v1 Gpa-Mir-96-P3 Gsp-Mir-96-P3 Hme-Mir-96-P3 Hru-Mir-96-P3 Hsa-Mir-96-P3-v1 Isc-Mir-96-P3 Lan-Mir-96-P3 Lch-Mir-96-P3 Lgi-Mir-96-P3 Lhy-Mir-96-P3 Llo-Mir-96-P3 Loc-Mir-96-P3-v1 Mdo-Mir-96-P3-v1 Mgi-Mir-96-P3 Mml-Mir-96-P3-v1 Mmr-Mir-96-P3-v1 Mmu-Mir-96-P3-v1 Mom-Mir-96-P3 Mun-Mir-96-P3-v1 Neu-Mir-96-P3-v1 Oan-Mir-96-P3-v1 Ocu-Mir-96-P3-v1 Ofu-Mir-96-P3 Pab-Mir-96-P3-v1 Pbv-Mir-96-P3-v1 Pca-Mir-96-P3 Pcr-Mir-96-P3 Pdu-Mir-96-P3 Pfl-Mir-96-P3 Pmi-Mir-96-P3 Pve-Mir-96-P3 Rno-Mir-96-P3-v1 Rph-Mir-96-P3 Sha-Mir-96-P3-v1 Sko-Mir-96-P3 Snu-Mir-96-P3 Spt-Mir-96-P3 Spu-Mir-96-P3 Sro-Mir-96-P3 Sto-Mir-96-P3-v1 Tca-Mir-96-P3 Tgu-Mir-96-P3 Tni-Mir-96-P3a Tur-Mir-96-P3 War-Mir-96-P3 Xtr-Mir-96-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884729.1: 3066307-3066366 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P3a-v2) |
Mir-96-P2a
KV884729.1: 3065459-3065523 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1a KV884729.1: 3066031-3066094 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3a-v1 KV884729.1: 3066306-3066367 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3a-v2 KV884729.1: 3066307-3066366 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-96-P3a-v2 |
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| Seed | UGGCACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUGGGGUGAUAAUGACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAGAGCUCACUAUCAGUGAAUUACCAUAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAACCACUUGAUGAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUGGGGUGAUAAUGAC- - G AC--| GA UGAGAG UC CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACUG C AG GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGAC U GUAGUAGUUCACCAAGAA A A GGAU^ -- UAUCAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-96-P3a-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGGCACUGGUAGAAUUCACUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-96-P3a-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAUUACCAUAGGGCCAUAA -60
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-96-P3a-v1 |
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| Seed | AUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUGGGGUGAUAAUGACUCCUGUUCUGUGUAUGGCACUGGUAGAAUUCACUGUGAGAGCUCACUAUCAGUGAAUUACCAUAGGGCCAUAAACAGAGCAGAGAAAGAACCACUUGAUGAUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGUUGGGGUGAUAAUGA--- C G AC--| GA GUGAGAG CU CUGUUCUGU UAUGGC UGGUA AUUCACU C GA GACGAGACA AUACCG ACCAU UAAGUGA U CGUAGUAGUUCACCAAGAAA - A GGAU^ -- CUAUCAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-96-P3a-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGGCACUGGUAGAAUUCACU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-96-P3a-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UGAAUUACCAUAGGGCCAUAAA -62
Get sequence
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