| MirGeneDB ID | Mal-Mir-96-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-96-P1b Mal-Mir-96-P2a Mal-Mir-96-P2b Mal-Mir-96-P3a-v1 Mal-Mir-96-P3b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Dre-Mir-96-P1a Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Gmo-Mir-96-P1a Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Tni-Mir-96-P1a War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884729.1: 3066031-3066094 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1a) |
Mir-96-P2a
KV884729.1: 3065459-3065523 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1a KV884729.1: 3066031-3066094 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3a-v1 KV884729.1: 3066306-3066367 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3a-v2 KV884729.1: 3066307-3066366 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUCCCAGCCACUCCUCUUCUUUGCCCAUUUUGGCACUAGCACAUUUUUGCUUCUGUAUGUAUACUUUGAGCAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAUAGGACAAGACAGACUUCCAUCACUUUUGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUCCCAGCCACUCCU- -| UG C U G UU UCUGUAUG CU UCUU CC AU UUGGCACUA CACAU UUGCU \ GA AGAA GG UA AACCGUGAU GUGUA AACGA U ACGUUUUCACUACCUUCA C^ CA A U - UU GUUUCAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-96-P1a_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU -23
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-96-P1a_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CAAUUAUGUGUAGUGCCAAUAU -64
Get sequence
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