| MirGeneDB ID | Llo-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Ava-Mir-71-P20 Ava-Mir-71-P21 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Gsa-Mir-71-o7 Gsa-Mir-71-o8 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pcr-Mir-71-v1 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o5 Sma-Mir-71-o6 Sme-Mir-71-o1a Sme-Mir-71-o1b Sme-Mir-71-o2 Sme-Mir-71-o3 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 Tur-Mir-71-P6a Tur-Mir-71-P6b War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU343002.1: 11598853-11598911 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-2-o117
OU343002.1: 11593640-11593697 [-]
Ensembl
Mir-2-o116 OU343002.1: 11594484-11594542 [-] Ensembl Mir-2-o115 OU343002.1: 11595818-11595877 [-] Ensembl Mir-2-P12 OU343002.1: 11596059-11596116 [-] Ensembl Mir-2-o114-v1 OU343002.1: 11598646-11598704 [-] Ensembl Mir-2-o114-v2 OU343002.1: 11598647-11598703 [-] Ensembl Mir-71 OU343002.1: 11598853-11598911 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGUUGAGGAGAUGCUGGGCUACGUCUUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUUGUGAUAGUGUCACCUCACUACUGUGUCUUUUGUGAGAAGUUGCAUGCUCUAUUCUUACACAUUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGUUGAGGAGAUGCUGG--| U G UG G A UUGUG GC AC UCUUG AAAGACAUGG UAGUGAG UG A CG UG AGAGU UUUCUGUGUC AUCACUC AC U AUUACACAUUCUUAUCUCGUA^ U A GU - C UGUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Llo-Mir-71_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Llo-Mir-71_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUCACUACUGUGUCUUUUGUG -59
Get sequence
|
