| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-71-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013665749.1: 444691-444750 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71-P9) |
Mir-2-P4i
NW_013665749.1: 433863-433924 [-]
Ensembl
Mir-2-P3i NW_013665749.1: 441269-441330 [-] Ensembl Mir-2-P1i NW_013665749.1: 443792-443855 [-] Ensembl Mir-71-P9 NW_013665749.1: 444691-444750 [-] Ensembl |
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| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGAUAUUUAGAUUCAAAACAUUUUUUCCAUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAGGUGGCUGAAGUUAUCAUCUCACUACCUUGUCUUUGAAGGAAAGGAUGGCAUAAACUACUGACAAAUGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGGAUAUUUAGAUUCAAAA--| AUG U GGUGGCUG CAUUUUUUCC AAAGACA GGGUAGUGAGA \ GUAGGAAAGG UUUCUGU UCCAUCACUCU A GGUAAACAGUCAUCAAAUACG^ AAG - ACUAUUGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lpo-Mir-71-P9_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lpo-Mir-71-P9_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCUCACUACCUUGUCUUUGAAG -60
Get sequence
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