| MirGeneDB ID | Rph-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Ava-Mir-71-P20 Ava-Mir-71-P21 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Gsa-Mir-71-o7 Gsa-Mir-71-o8 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pcr-Mir-71-v1 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o5 Sma-Mir-71-o6 Sme-Mir-71-o1a Sme-Mir-71-o1b Sme-Mir-71-o2 Sme-Mir-71-o3 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 Tur-Mir-71-P6a Tur-Mir-71-P6b War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018536.1: 47739342-47739400 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-2-o66
CM018536.1: 47737950-47738006 [-]
Ensembl
Mir-2-o65 CM018536.1: 47738240-47738298 [-] Ensembl Mir-2-o64 CM018536.1: 47738531-47738593 [-] Ensembl Mir-2-o63 CM018536.1: 47738775-47738832 [-] Ensembl Mir-2-P12 CM018536.1: 47739104-47739161 [-] Ensembl Mir-71 CM018536.1: 47739342-47739400 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGUUUAUUAAAGAUCCUUAUUUAUGCUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUUUGUAGUUUAUCACCUUGCUAACCUGUCUUUUGCAGUGUUGUAGGGCCAGCUUCUAUUUGUAUAGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAUGUUUAUUAAAGAUC---| UU UG U G UG A UUUGU CUUAU AUGCUG AAAGACA GG UAG AG UG A GGAUG UGUGAC UUUCUGU CC AUC UC AC G GAUAUGUUUAUCUUCGACCG^ U- GU - A GU C UAUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Rph-Mir-71_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Rph-Mir-71_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCUUGCUAACCUGUCUUUUGCA -59
Get sequence
|
