| MirGeneDB ID | Tur-Mir-71-P6a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tur-mir-71-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tur-Mir-71-P6b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o6 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587310.1: 2524818-2524890 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71-P6a) |
Mir-2-o142b
HE587310.1: 2523054-2523117 [-]
Ensembl
Mir-71-P6b HE587310.1: 2523836-2523908 [-] Ensembl Mir-71-P6a HE587310.1: 2524818-2524890 [+] Ensembl Mir-2-o142a HE587310.1: 2525606-2525669 [+] Ensembl |
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| Seed | CUCACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUUAUAUAUUAUCGUUUGAUUUUUUGGUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUAACAAAUUGUAAUUAAUUUAACUAACAUCUCACUACUUUGUCUUUGGCGCUAAUUCAAACAUGACUCAUCAUGCUGUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUAUAUAUUAUCGUU-----| UUUU G U UAACAAAUUGUA UGA UUGGUGU AAAGACA GGGUAGUGAGAUG A ACU AAUCGCG UUUCUGU UUCAUCACUCUAC U GUUGUCGUACUACUCAGUACAA^ U--- G - AAUCAAUUUAAU 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tur-Mir-71-P6a_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0023040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tur-Mir-71-P6a_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0023041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
51- UCUCACUACUUUGUCUUUGGCG -73
Get sequence
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