MirGeneDB ID | Lgi-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | lgi-mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cgi-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Pmi-Mir-71 Sko-Mir-71 Sme-Mir-71-P16a Sme-Mir-71-P16b Sme-Mir-71-P17 Sme-Mir-71-P18 Sme-Mir-71-P19 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-71
LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-]
Ensembl
Mir-2-o14 LOTGIsca_2: 4520084-4520140 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCAGUCUACCAUGCAGCAGAAAUCUUUGUGAAAGACAAGGGUAGUGAGAUGAUUCAAUAAUACCAUCUUACUACUCUGUCUUUUGCAUAGAUUUUUGGAUAUCAUCAAUUUGUGGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCCAGUCUACCAUGCAG--| U UG A AUUCA CAGAAAUCU UG AAAGACA GGGUAGUGAGAUG A GUUUUUAGA AC UUUCUGU CUCAUCAUUCUAC U UUGGUGUUUAACUACUAUAG^ U GU - CAUAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Lgi-Mir-71_5p |
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mirBase accession | MIMAT0009571 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAAAGACAAGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
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Star sequence | Lgi-Mir-71_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCUUACUACUCUGUCUUUUGCA -59
Get sequence
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