| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-2-P12c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lgi-Mir-2-o50 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12c Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. gigantea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 4514962-4515022 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12c) |
Mir-2-P12e
LOTGIsca_2: 4514299-4514357 [-]
Ensembl
Mir-2-P12d LOTGIsca_2: 4514607-4514668 [-] Ensembl Mir-2-P12c LOTGIsca_2: 4514962-4515022 [-] Ensembl Mir-2-P12b LOTGIsca_2: 4515157-4515217 [-] Ensembl Mir-71 LOTGIsca_2: 4515804-4515862 [-] Ensembl Mir-2-P12a LOTGIsca_2: 4520083-4520141 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUACAGUACAGUAAUUUGCUGCCCUGCUCUGACCAAGUGGCUGAGAUCAGUUAAAGUUAAUAUCUUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGCGUAUUGUGGCAUAUGUUCAUCAAACUAGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGUACAGUACAGUAAUU-- UG CC U - -| A C UUAAAG UGC C UGC CUGA CCAAGU GGCUG GAU AG \ ACG G AUG GACU GGUUCG CCGAC CUA UC U UAGGAUCAAACUACUUGUAU GU UU C A U^ A U UAUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lgi-Mir-2-P12c_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGACCAAGUGGCUGAGAUCAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lgi-Mir-2-P12c_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGCG -61
Get sequence
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