MirGeneDB ID | Rph-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rph-Mir-2-o63 Rph-Mir-2-o64 Rph-Mir-2-o65 Rph-Mir-2-o66 Rph-Mir-2-o67 Rph-Mir-2-o68 Rph-Mir-2-o69 Rph-Mir-2-o70 Rph-Mir-2-o71 Rph-Mir-2-o72 Rph-Mir-2-o73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018536.1: 47739104-47739161 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-2-o66
CM018536.1: 47737950-47738006 [-]
Ensembl
Mir-2-o65 CM018536.1: 47738240-47738298 [-] Ensembl Mir-2-o64 CM018536.1: 47738531-47738593 [-] Ensembl Mir-2-o63 CM018536.1: 47738775-47738832 [-] Ensembl Mir-2-P12 CM018536.1: 47739104-47739161 [-] Ensembl Mir-71 CM018536.1: 47739342-47739400 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACUGAGGAAAAGAAAGAAAAGUCCUGCUACUGGCCAAGUGGUUGUUAUAUAUUGAUUUCCCUAUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUAGUAUGAUCGUAUUUUACACCAAUCACAGUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AACUGAGGAAAAGAAAGAAAA-- C - -| U UUGA GUC UGCUACUGG CCAAGU GGUUGU AUAUA U UAG AUGAUGACU GGUUCG CCGACA UAUAU U AUGACACUAACCACAUUUUAUGC U A U^ C CCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Rph-Mir-2-P12_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGCCAAGUGGUUGUUAUAUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Rph-Mir-2-P12_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUA -58
Get sequence
|