| MirGeneDB ID | Rph-Mir-2-o67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-2-o63 Rph-Mir-2-o64 Rph-Mir-2-o65 Rph-Mir-2-o66 Rph-Mir-2-o68 Rph-Mir-2-o69 Rph-Mir-2-o70 Rph-Mir-2-o71 Rph-Mir-2-o72 Rph-Mir-2-o73 Rph-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
QUSP01002410.1: 64738-64796 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o67) |
Mir-2-o71
QUSP01002410.1: 60139-60197 [-]
Ensembl
Mir-2-o70 QUSP01002410.1: 60291-60350 [-] Ensembl Mir-2-o69 QUSP01002410.1: 63485-63542 [-] Ensembl Mir-2-o68 QUSP01002410.1: 64540-64597 [-] Ensembl Mir-2-o67 QUSP01002410.1: 64738-64796 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUUAGAAUGAAUUCUUGUUUGUGACGGUACUGUCAAAGUGGUUGUGAUAUGUGAUUAUUUAUUCAGAUCACAGCCUGCUUUGAUAUUCUCACCAUGAACAUUCCUUCAAUUUAUGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUUAGAAUGAAUUCUU-- UG AC UAC -| A UGAUU GUU UG GG UGUCAAAGU GGUUGUGAU UG A CAA AC CU AUAGUUUCG CCGACACUA AC U UUCGUAUUUAACUUCCUUA GU CA CUU U^ G UUAUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-2-o67_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGUCAAAGUGGUUGUGAUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-2-o67_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GAUCACAGCCUGCUUUGAUAUUC -59
Get sequence
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