| MirGeneDB ID | Rph-Mir-2-o64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-2-o63 Rph-Mir-2-o65 Rph-Mir-2-o66 Rph-Mir-2-o67 Rph-Mir-2-o68 Rph-Mir-2-o69 Rph-Mir-2-o70 Rph-Mir-2-o71 Rph-Mir-2-o72 Rph-Mir-2-o73 Rph-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018536.1: 47738531-47738593 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o64) |
Mir-2-o66
CM018536.1: 47737950-47738006 [-]
Ensembl
Mir-2-o65 CM018536.1: 47738240-47738298 [-] Ensembl Mir-2-o64 CM018536.1: 47738531-47738593 [-] Ensembl Mir-2-o63 CM018536.1: 47738775-47738832 [-] Ensembl Mir-2-P12 CM018536.1: 47739104-47739161 [-] Ensembl Mir-71 CM018536.1: 47739342-47739400 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACUGUACAGGAGAAAAAAUGGACACUGGGCUCGCAGAGUGGCUGUGAAAUGCUGAUGAUAUAUACCCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCCCAGAACCAUUUACAUGCAUCUAUUUUGAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACUGUACAGGAGAAAA--- ACA - -| A CUGAUGA AAUGG CUGGGCUCG CAGAG UGGCUGUGA AUG \ UUACC GACCCGAGU GUUUC ACCGACACU UAC U CUAGUUUUAUCUACGUACAU AA- A G^ A CCAUAUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-2-o64_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCGCAGAGUGGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-2-o64_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCC -63
Get sequence
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