| MirGeneDB ID | Agr-Mir-2-P12b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-2-o85 Agr-Mir-2-o86a-v1 Agr-Mir-2-o86b Agr-Mir-2-o87-v1 Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12b Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. granulata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000002.1: 46260136-46260192 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12b) |
Mir-2-P12f2
JABBOT010000002.1: 46258005-46258061 [-]
Ensembl
Mir-2-P12f1 JABBOT010000002.1: 46258275-46258333 [-] Ensembl Mir-2-P12e JABBOT010000002.1: 46259213-46259269 [-] Ensembl Mir-2-P12d JABBOT010000002.1: 46259667-46259724 [-] Ensembl Mir-2-P12c JABBOT010000002.1: 46259825-46259884 [-] Ensembl Mir-2-P12b JABBOT010000002.1: 46260136-46260192 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAAAUGAGCAGUGCCUGGUUAGUGGCUCUGACCAAGUGGUUGUGGUCUGUAGUAAGUCGUCAUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGAAUCACUGGACCACUGGACACCACGCUACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACAAAUGAGCAGUGCC- - GC - -| C UAGUA UGGU UAGUG UCUGA CCAAGU GGUUGUGGU UG \ ACCA GUCAC AGACU GGUUCG CCGACACUA AC A GUCAUCGCACCACAGGUC G UA A U^ U UGCUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-2-P12b_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGACCAAGUGGUUGUGGUCUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-2-P12b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGA -57
Get sequence
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