| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-2-o153 Ofu-Mir-2-o154 Ofu-Mir-2-o155 Ofu-Mir-2-o156 Ofu-Mir-2-o157 Ofu-Mir-2-o158 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000003.1: 15958948-15959009 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-71
CAIIXF020000003.1: 15950516-15950575 [+]
Mir-2-o153 CAIIXF020000003.1: 15958470-15958526 [+] Mir-2-P12 CAIIXF020000003.1: 15958948-15959009 [+] Mir-2-o154 CAIIXF020000003.1: 15959506-15959565 [+] Mir-2-o155 CAIIXF020000003.1: 15960009-15960067 [+] Mir-2-o156 CAIIXF020000003.1: 15960548-15960608 [+] Mir-2-o157 CAIIXF020000003.1: 15962486-15962544 [+] Mir-2-o158 CAIIXF020000003.1: 15964675-15964734 [+] |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUUGCUUUUGCUAAUGCCUUAUUCAGUUAUGUCCAAGUCGCUGUGAAAUGCCAUGAAAUAUAAACAUAUCACAGCGCUGCUUGGAUUUCAUUGGGUAGCGGCGCUUUGCAUUCUAUGUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUUGCUUUUGCUAAU- - UAU --| A CCAUGA GCC UUAUUCAGU GUCCAAGU CGCUGUGA AUG A CGG GAUGGGUUA UAGGUUCG GCGACACU UAC A ACUGUAUCUUACGUUUCG C CUU UC^ A AAAUAU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ofu-Mir-2-P12_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGUCCAAGUCGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ofu-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUCACAGCGCUGCUUGGAUUUCA -62
Get sequence
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