| MirGeneDB ID | Ofu-Mir-2-o154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ofu-Mir-2-o153 Ofu-Mir-2-o155 Ofu-Mir-2-o156 Ofu-Mir-2-o157 Ofu-Mir-2-o158 Ofu-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000003.1: 15959506-15959565 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o154) |
Mir-71
CAIIXF020000003.1: 15950516-15950575 [+]
Mir-2-o153 CAIIXF020000003.1: 15958470-15958526 [+] Mir-2-P12 CAIIXF020000003.1: 15958948-15959009 [+] Mir-2-o154 CAIIXF020000003.1: 15959506-15959565 [+] Mir-2-o155 CAIIXF020000003.1: 15960009-15960067 [+] Mir-2-o156 CAIIXF020000003.1: 15960548-15960608 [+] Mir-2-o157 CAIIXF020000003.1: 15962486-15962544 [+] Mir-2-o158 CAIIXF020000003.1: 15964675-15964734 [+] |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGGUUGAUGAUUUGGGCCAGUUGUAUGGGCAUCAAAUUGGCUGUGAAAUGUUCUUACAUUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCCACACAUGGUUAGUUUGCAUCAUAAAAGGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAAGGUUGAUGAUUUGG----| GU A G- - A UUCUU GCCA UGU UGG CAUCAAA UUGGCUGUGA AUG A UGGU ACA ACC GUAGUUU GACCGACACU UAC C UUGGAAAAUACUACGUUUGAU^ -- C GA C A UUUUA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ofu-Mir-2-o154_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAUCAAAUUGGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ofu-Mir-2-o154_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCC -60
Get sequence
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