| MirGeneDB ID | Esc-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Esc-Mir-2-o45-v1 Esc-Mir-2-o47a-v1 Esc-Mir-2-o47b Esc-Mir-2-o47c Esc-Mir-2-o47d Esc-Mir-2-o48-v1 Esc-Mir-2-o49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044488.1: 27565399-27565460 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-2-o49
CM044488.1: 27562752-27562815 [-]
Ensembl
Mir-2-o48-v1 CM044488.1: 27562855-27562918 [-] Ensembl Mir-2-o48-v2 CM044488.1: 27562855-27562918 [-] Ensembl Mir-2-o47d CM044488.1: 27563803-27563860 [-] Ensembl Mir-2-o47c CM044488.1: 27564000-27564059 [-] Ensembl Mir-2-o47b CM044488.1: 27564469-27564528 [-] Ensembl Mir-2-o47a-v1 CM044488.1: 27564797-27564854 [-] Ensembl Mir-2-o47a-v2 CM044488.1: 27564797-27564854 [-] Ensembl Mir-2-P12 CM044488.1: 27565399-27565460 [-] Ensembl Mir-2-o45-v1 CM044488.1: 27565591-27565650 [-] Ensembl Mir-2-o45-v2 CM044488.1: 27565591-27565650 [-] Ensembl Mir-71 CM044488.1: 27565864-27565922 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUACACAAUAUCAUCUGCCAUGUCUUUUACUGACCAAGUGGCUGCGACAUGUUAAACAUUCUCUUCAUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUAUGAGGCUUUCUGGUAUCACAUCCUGAGCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUACACAAUAUCAUCUGCCAU-- U - -| C C UUAAAC GUCUU UACUGA CCAAGU GGCUG GA AUG A CGGAG AUGACU GGUUCG CCGAC CU UAC U CCCGAGUCCUACACUAUGGUCUUU U A U^ A A UUCUCU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Esc-Mir-2-P12_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGACCAAGUGGCUGCGACAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Esc-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUA -62
Get sequence
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