| MirGeneDB ID | Esc-Mir-2-o47a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Hawaiian bobtail squid (Euprymna scolopes) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Esc-Mir-2-o45-v1 Esc-Mir-2-o47b Esc-Mir-2-o47c Esc-Mir-2-o47d Esc-Mir-2-o48-v1 Esc-Mir-2-o49 Esc-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Npo-Mir-2-o47 Obi-Mir-2-o47a Ovu-Mir-2-o47a Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Coleoidea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (esc-GCA_024364805.1_ASM2436480v1) |
CM044488.1: 27564797-27564854 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o47a-v1) |
Mir-2-o49
CM044488.1: 27562752-27562815 [-]
Ensembl
Mir-2-o48-v1 CM044488.1: 27562855-27562918 [-] Ensembl Mir-2-o48-v2 CM044488.1: 27562855-27562918 [-] Ensembl Mir-2-o47d CM044488.1: 27563803-27563860 [-] Ensembl Mir-2-o47c CM044488.1: 27564000-27564059 [-] Ensembl Mir-2-o47b CM044488.1: 27564469-27564528 [-] Ensembl Mir-2-o47a-v1 CM044488.1: 27564797-27564854 [-] Ensembl Mir-2-o47a-v2 CM044488.1: 27564797-27564854 [-] Ensembl Mir-2-P12 CM044488.1: 27565399-27565460 [-] Ensembl Mir-2-o45-v1 CM044488.1: 27565591-27565650 [-] Ensembl Mir-2-o45-v2 CM044488.1: 27565591-27565650 [-] Ensembl Mir-71 CM044488.1: 27565864-27565922 [-] Ensembl |
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| Variant | Esc-Mir-2-o47a-v1 |
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| Seed | CACAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUACCCAAGAGAGAAGGCACUGUUGCAACUCAUCAAAUAGCCGUGAUAUGCUGACAAUGACUUAUCACAGCUAGCUUUGAUGAGCUGGGACUCUGCUCUUUGCUGCUUCUGUUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUACCCAAGAGAGAA-- CU G A --| C UGCUGA GGCA GUU CA CUCAUCAAA UAGC GUGAUA C UCGU CAG GU GAGUAGUUU AUCG CACUAU A AUUUUGUCUUCGUCGUUUC CU G C CG^ A UCAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Esc-Mir-2-o47a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUCAAAUAGCCGUGAUA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Esc-Mir-2-o47a-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCACAGCUAGCUUUGAUGAGCU -58
Get sequence
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| Variant | Esc-Mir-2-o47a-v2 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUACCCAAGAGAGAAGGCACUGUUGCAACUCAUCAAAUAGCCGUGAUAUGCUGACAAUGACUUAUCACAGCUAGCUUUGAUGAGCUGGGACUCUGCUCUUUGCUGCUUCUGUUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUACCCAAGAGAGAA-- CU G A --| C UGCUGA GGCA GUU CA CUCAUCAAA UAGC GUGAUA C UCGU CAG GU GAGUAGUUU AUCG CACUAU A AUUUUGUCUUCGUCGUUUC CU G C CG^ A UCAGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Esc-Mir-2-o47a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUCAAAUAGCCGUGAUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Esc-Mir-2-o47a-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAUCACAGCUAGCUUUGAUGAGCU -58
Get sequence
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