| MirGeneDB ID | Cte-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Polychaete worm (Capitella teleta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cte-mir-2g | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cte-Mir-2-o13 Cte-Mir-2-o14 Cte-Mir-2-o15 Cte-Mir-2-o16 Cte-Mir-2-o17 Cte-Mir-2-o18 Cte-Mir-2-o19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Pve-Mir-2-P12 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Capitella_teleta_v1.0) |
CAPTEscaffold_933: 10173-10226 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-71
CAPTEscaffold_933: 9934-9996 [+]
Ensembl
Mir-2-o13 CAPTEscaffold_933: 10046-10112 [+] Ensembl Mir-2-P12 CAPTEscaffold_933: 10173-10226 [+] Ensembl Mir-2-o14 CAPTEscaffold_933: 10412-10472 [+] Ensembl Mir-2-o15 CAPTEscaffold_933: 10541-10616 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCACCACCCCCUCCUGUGCAUGGCUCACCGCGGUCUCAGCGUCUGUGGUGCGCUGAAUUCGUAUCACAGACCGCUUGGAUCACAGUGCGCUGUUGUGAUGGUUACACUCGUGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCACCACCCCCUCCUGU- - U CGC C -| CUG GC AUGGC CAC GGUCU AGC GUCUGUGGUGCG \ UG UGUCG GUG CUAGG UCG CAGACACUAUGC A UGGUGCUCACAUUGGUAG U C ACA U C^ UUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cte-Mir-2-P12_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUCUCAGCGUCUGUGGUGCG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cte-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0013559 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
31- UAUCACAGACCGCUUGGAUCACA -54
Get sequence
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