| MirGeneDB ID | Pve-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Vernerds tusk shell (Pictodentalium vernedei) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pve-Mir-2-o74-v1 Pve-Mir-2-o75-v1 Pve-Mir-2-o76-v1 Pve-Mir-2-o77 Pve-Mir-2-o78-v1 Pve-Mir-2-o79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 Cte-Mir-2-P12 Dgr-Mir-2-P12 Efe-Mir-2-P12f Efe-Mir-2-P12g Esc-Mir-2-P12 Gsp-Mir-2 Hru-Mir-2-P12 Lgi-Mir-2-P12a Lgi-Mir-2-P12b Lgi-Mir-2-P12c Lgi-Mir-2-P12d Lgi-Mir-2-P12e Lhy-Mir-2-P12 Llo-Mir-2-P12 Mgi-Mir-2-P12 Mom-Mir-2-P12f Mom-Mir-2-P12g Mom-Mir-2-P12h Mom-Mir-2-P12i Mom-Mir-2-P12j Mom-Mir-2-P12k Npo-Mir-2-P12 Obi-Mir-2-P12 Ofu-Mir-2-P12 Ovu-Mir-2-P12 Pau-Mir-2-P12 Pdu-Mir-2-P12 Ple-Mir-2 Rph-Mir-2-P12 War-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pve_genome_chr_only) |
Pve_Chr8: 484566495-484566554 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P12) |
Mir-2-o79
Pve_Chr8: 484544223-484544280 [-]
Ensembl
Mir-2-o78-v2 Pve_Chr8: 484544606-484544663 [-] Ensembl Mir-2-o78-v1 Pve_Chr8: 484544606-484544663 [-] Ensembl Mir-2-o77 Pve_Chr8: 484550374-484550431 [-] Ensembl Mir-2-o76-v1 Pve_Chr8: 484550545-484550603 [-] Ensembl Mir-2-o76-v2 Pve_Chr8: 484550545-484550603 [-] Ensembl Mir-2-o75-v2 Pve_Chr8: 484566363-484566425 [-] Ensembl Mir-2-o75-v1 Pve_Chr8: 484566363-484566425 [-] Ensembl Mir-2-P12 Pve_Chr8: 484566495-484566554 [-] Ensembl Mir-2-o74-v2 Pve_Chr8: 484570188-484570248 [-] Ensembl Mir-2-o74-v1 Pve_Chr8: 484570189-484570248 [-] Ensembl Mir-71 Pve_Chr8: 484570428-484570486 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAUUUACUGCUCUCAUACAUGUGCCAUUUCUGACCAAGAGGUUGUGAUUUAUGAAGAAUUUGUUAUAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUAAUGUUGCAUGUAUCAAGUCUUCAUUGUUCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAUUUACUGCUCUCAU-- GC U - -| U UGAAG ACAUGU CAUU CUGA CCAAG AGGUUGUGAU UA A UGUACG GUAA GACU GGUUC UCCGACACUA AU A UCUUGUUACUUCUGAACUA UU U A G^ U UGUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pve-Mir-2-P12_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUGACCAAGAGGUUGUGAUUUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pve-Mir-2-P12_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCUGCUUGGAUCAGUA -60
Get sequence
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