| MirGeneDB ID | Agr-Mir-2-o87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-2-o85 Agr-Mir-2-o86a-v1 Agr-Mir-2-o86b Agr-Mir-2-P12a Agr-Mir-2-P12b Agr-Mir-2-P12c Agr-Mir-2-P12d Agr-Mir-2-P12e Agr-Mir-2-P12f1 Agr-Mir-2-P12f2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. granulata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000080.1: 1400233-1400291 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o87-v1) |
Mir-71
JABBOT010000080.1: 1396833-1396892 [+]
Ensembl
Mir-2-o85 JABBOT010000080.1: 1397135-1397194 [+] Ensembl Mir-2-P12a JABBOT010000080.1: 1397499-1397554 [+] Ensembl Mir-2-o86a-v1 JABBOT010000080.1: 1400008-1400066 [+] Ensembl Mir-2-o86a-v2 JABBOT010000080.1: 1400008-1400066 [+] Ensembl Mir-2-o87-v1 JABBOT010000080.1: 1400233-1400291 [+] Ensembl Mir-2-o87-v2 JABBOT010000080.1: 1400233-1400291 [+] Ensembl |
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| Variant | Agr-Mir-2-o87-v1 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGAUUGUGCAGGACAGGAGGCGACGGUUUCAUCAAAGUGGUGGUGAUGUGUUCUCGUGGUCACAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUCUGUCUACUCCUAUAUCAGUAUCCAGCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGAUUGUGCAGGACA- GC U- -| G UGUUCUC GGAG GACGG UUCAUCAAAG UGGU GUGAUG G CCUC CUGUC GAGUAGUUUC ACCG CACUAU U UACGACCUAUGACUAUAU AU UC G^ A ACACUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-2-o87-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAGUGGUGGUGAUG -20
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-2-o87-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -59
Get sequence
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| Variant | Agr-Mir-2-o87-v2 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGAUUGUGCAGGACAGGAGGCGACGGUUUCAUCAAAGUGGUGGUGAUGUGUUCUCGUGGUCACAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUCUGUCUACUCCUAUAUCAGUAUCCAGCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGAUUGUGCAGGACA- GC U- -| G UUCUC GGAG GACGG UUCAUCAAAG UGGU GUGAUGUG G CCUC CUGUC GAGUAGUUUC ACCG CACUAUAC U UACGACCUAUGACUAUAU AU UC G^ A ACUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-2-o87-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAGUGGUGGUGAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-2-o87-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -59
Get sequence
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