MirGeneDB ID | Lan-Mir-71-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lan-Mir-71-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01002046: 27476-27533 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71-P4) |
Mir-71-P4
LFEI01002046: 27476-27533 [+]
Ensembl
Mir-2-o106a LFEI01002046: 29074-29133 [+] Ensembl Mir-2-o101a LFEI01002046: 29414-29471 [+] Ensembl Mir-2-o101b LFEI01002046: 29414-29471 [+] Ensembl Mir-2-o107 LFEI01002046: 30083-30141 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAAAAAACGGCGUAUGUUAUUUCUGUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGCUGUACUUGUGUACCUCACUACCGUGUCUUUUGCAUGGAGAUGACACAAGAUACAGGCUGCCUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAAAAAAAACGGCGUA--| UG G A CUGUA UGUUAUUUCUGUG AAAGACAUGG UAGUGAG UG \ ACAGUAGAGGUAC UUUCUGUGCC AUCACUC AU C GUUCCGUCGGACAUAGAAC^ GU - C GUGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lan-Mir-71-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lan-Mir-71-P4_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CCUCACUACCGUGUCUUUUGCA -58
Get sequence
|