| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Ava-Mir-71-P20 Ava-Mir-71-P21 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Gsa-Mir-71-o7 Gsa-Mir-71-o8 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lhy-Mir-71 Llo-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pcr-Mir-71-v1 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o5 Sma-Mir-71-o6 Sme-Mir-71-o1a Sme-Mir-71-o1b Sme-Mir-71-o2 Sme-Mir-71-o3 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 Tur-Mir-71-P6a Tur-Mir-71-P6b War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-71
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 DAPPUscaffold_80: 240557-240644 [+] Ensembl Mir-2-P2 DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl Mir-2-P3 DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl Mir-2-P4 DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAAAAUGUGCGUUGUGAAAGGCAUCGGCCUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGUUGGCCUGGUAGUUCCUCACCUCUCACUACUUUGUCGUUCAUGUCGUGCACUUUUCCAAAUCUUCGCCGCCGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAAAAUGUGCGUUGUG-- -| U C A U U UUGGCCUGG AAAG GCA CGGC UGAA GACA GGGUAGUGAGA G \ UUUC CGU GCUG ACUU CUGU UUCAUCACUCU C U CGCCGCCGCUUCUAAACCU A^ - U G - C ACUCCUUGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dpu-Mir-71_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0012667 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Co-mature sequence | Dpu-Mir-71_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- CUCACUACUUUGUCGUUCAUG -66
Get sequence
|
