| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-2-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-P4 Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3) |
Mir-71
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 DAPPUscaffold_80: 240557-240644 [+] Ensembl Mir-2-P2 DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl Mir-2-P3 DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl Mir-2-P4 DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCGAGUUUGGUUUUCGCUACUACGUGCCGCUCGCAAAGUGGCUGUCAUGUGUCCCAAUUUCAAGUUUAGCGUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGGGACGUUUUGUGGCCUUGCUCCCCCCUCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCGAGUUUGGUUUUCGC U-- G - -| C UCCCAAUUUCA UAC ACGU CCGCUCG CAAAG UGGCUGU AUGUG \ GUG UGCA GGCGAGU GUUUC ACCGACA UAUAC A GGCUCCCCCCUCGUUCCG UUU G A G^ C UUUGCGAUUUG . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-2-P3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCGCAAAGUGGCUGUCAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-2-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -71
Get sequence
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