| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-2-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P2 Dpu-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4) |
Mir-71
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 DAPPUscaffold_80: 240557-240644 [+] Ensembl Mir-2-P2 DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl Mir-2-P3 DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl Mir-2-P4 DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGUUUUUCCAAGGGUGUCGUGUGUAUUAGCUUGUCAGAGUGGUUGUGAUGUGCGUCAUGUUGUACUCGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGCUACGCUCGACUUGUUGCAUCAGGAAAAAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUGUUUUUCCAAGGGUG---| U UUA UG - CGUCAU UCG GUGUA GCU UCAGAG UGGUUGUGAUGUG G AGC CGCAU CGA AGUUUC ACCGACACUAUGC U UAAAAAGGACUACGUUGUUC^ U CG- GU G UCAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-2-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUGUCAGAGUGGUUGUGAUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-2-P4_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0012657 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -63
Get sequence
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