| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-2a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P5 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dan-Mir-2-P4a-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4a-v1) |
Mir-2-P3b
scaffold_6500: 6907827-6907894 [+]
Ensembl
Mir-2-P4a-v1 scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl Mir-2-P4a-v2 scaffold_6500: 6908329-6908396 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v2 scaffold_6500: 6908917-6908978 [+] Ensembl Mir-2-P4b-v1 scaffold_6500: 6908918-6908977 [+] Ensembl |
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| Variant | Dmo-Mir-2-P4a-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCAUAAGAAUUGGCCACAUUCAUGCUGAGCUCUCAAAGAGGCUGUGAAAUGCAUUUUGAAAGCUUUGCGAGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAACGUACAUCAAUCAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAUAAGAAUUGGCCA--- C - A-| A CAUUUUGAA CAUU AUGCUGAGCUC UCAAAG GGCUGUGA AUG A GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC CCGACACU UAC G ACUAACUAACUACAUGCAAU - U GA^ A GAGCGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGAGGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -68
Get sequence
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| Variant | Dmo-Mir-2-P4a-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCAUAAGAAUUGGCCACAUUCAUGCUGAGCUCUCAAAGAGGCUGUGAAAUGCAUUUUGAAAGCUUUGCGAGCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUUAGCGUAAUGUAACGUACAUCAAUCAAUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCAUAAGAAUUGGCCA--- C - A-| AAUGCAUUUUGAA CAUU AUGCUGAGCUC UCAAAG GGCUGUGA A GUAA UGCGAUUCGAG AGUUUC CCGACACU G ACUAACUAACUACAUGCAAU - U GA^ AUACGAGCGUUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGAGGCUGUGAAA -20
Get sequence
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| Mature sequence | Dmo-Mir-2-P4a-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -68
Get sequence
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