| MirGeneDB ID | Dmo-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila mojavensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dmo-mir-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dmo-Mir-2-P1 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P6a Dmo-Mir-2-P6b Dmo-Mir-2-P6c Dmo-Mir-2-P7 Dmo-Mir-2-P8 Dmo-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Cel-Mir-2-o5 Dan-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P5 Dma-Mir-2-P5 Dme-Mir-2-P5 Dpu-Mir-2-P5 Dsi-Mir-2-P5 Dya-Mir-2-P5 Gpa-Mir-2-P5-v1 Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dmoj_caf1) |
scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P5) |
Mir-2-P6c
scaffold_6496: 20935964-20936029 [-]
Ensembl
Mir-2-P6b scaffold_6496: 20936142-20936210 [-] Ensembl Mir-2-P6a scaffold_6496: 20936318-20936375 [-] Ensembl Mir-2-P5 scaffold_6496: 20936468-20936531 [-] Ensembl Mir-9-P9 scaffold_6496: 20936638-20936694 [-] Ensembl Mir-279-P1 scaffold_6496: 20936799-20936877 [-] Ensembl Mir-3-P2 scaffold_6496: 20936995-20937055 [-] Ensembl Mir-3-P1 scaffold_6496: 20937123-20937187 [-] Ensembl |
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| Seed | AAGGAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGCAAACUCGAUGAAUGGGCCAUGCGCUAAAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUGCGUUAAUCGACCGUUACAUAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUAGCGCGUGCAGUCCCCCAGACUACAAUAUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGCAAACUCGAUGAAUG -- -| C CGUUAAU GGC CAUGCGCUA AAAGGAA GAUCGUUGUGAUAUG C CUG GUGCGCGAU UUUCCUU UUAGUGACACUAUAC G AGUAUAACAUCAGACCCC AC A^ - AUUGCCA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dmo-Mir-2-P5_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0008691 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGGAACGAUCGUUGUGAUAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Dmo-Mir-2-P5_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGUGAUUUUCCUUUAUA -64
Get sequence
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