| MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P2b Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Isc-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2a HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2b HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUAGGAACUGUCGAAGAGCAAUUAGGGAGCCGACAAAGUGGUUGUGGAAUGUUCUAUAUCUGCAUAUCACAGCCAGCUUUGUUGACUUCAUUGUUGCCACUUAGCUGCAAAUUCCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 ACUAGGAACUGUCGAAGA-- UAG C -| A UUCUA GCAAU GGAG CGACAAAG UGGUUGUGG AUG \ CGUUG CUUC GUUGUUUC ACCGACACU UAC U GUCCUUAAACGUCGAUUCAC UUA A G^ A GUCUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hme-Mir-2-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGACAAAGUGGUUGUGGAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hme-Mir-2-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0024973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAUCACAGCCAGCUUUGUUGACU -58
Get sequence
|
