MirGeneDB ID | Lpo-Mir-2-P4j | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Dma-Mir-2-P4 Dpu-Mir-2-P4 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666453.1: 412982-413043 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4j) |
Mir-71-P10
NW_013666453.1: 400160-400219 [+]
Ensembl
Mir-2-P1j NW_013666453.1: 400599-400660 [+] Ensembl Mir-2-P2j NW_013666453.1: 404784-404843 [+] Ensembl Mir-2-P4j NW_013666453.1: 412982-413043 [+] Ensembl |
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Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAUCACAACAAAGCAGUCCUAGAUCGCCGAUCAUCAGAGUGGAUGUGGUGUGUUGUUUAUGAUAUCGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGGAGAUGUCGGUUUCAGCCACGUGUCCUUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UCAUCACAACAAAGCAGU-- UAG G A -| A UUGUUU CC AUC CCG UCAUCAGAG UGG UGUGGUGUG \ GG UAG GGC AGUAGUUUC ACC ACACUAUGC A GGUUCCUGUGCACCGACUUU CUG A G G^ G UAUAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lpo-Mir-2-P4j_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCAUCAGAGUGGAUGUGGUGUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Lpo-Mir-2-P4j_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -62
Get sequence
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