| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-2-P1k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Dan-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P1-v1 Dma-Mir-2-P1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P1-v1 Isc-Mir-2-P1 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666817.1: 137210-137272 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1k) |
Mir-2-P4k
NW_013666817.1: 121381-121442 [-]
Ensembl
Mir-2-P3k NW_013666817.1: 133824-133885 [-] Ensembl Mir-2-P1k NW_013666817.1: 137210-137272 [-] Ensembl Mir-71-P11 NW_013666817.1: 138297-138356 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUUUUCAAAGGUUAAUUACCUGUUAUGCAGUCUUCAAAGGGGUUGUGAAAUGUGUGCUUAUUCAGUUUCAUAUCACAGCCAUCUUUGAUGAGCUGUACAGCAGUUCCAGACUGAAGAUUUCAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUUUUCAAAGGUUAAUUAC- A - U -| A UGUGCUU CUGUU UGCAG UC UCAAAGG GGUUGUGA AUG A GACGA AUGUC AG AGUUUCU CCGACACU UAC U UACUUUAGAAGUCAGACCUU C G U A^ A UUUGACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Lpo-Mir-2-P1k_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUCAAAGGGGUUGUGAAAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Lpo-Mir-2-P1k_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGCCAUCUUUGAUGAGC -63
Get sequence
|
