| MirGeneDB ID | Aae-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-2-P2b Aae-Mir-2-P3 Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aae-Mir-2-P7 Aae-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dan-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P1-v1 Dma-Mir-2-P1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P1-v1 Isc-Mir-2-P1 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1-v1) |
Mir-2-P4-v1
supercont1.268: 887257-887317 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 supercont1.268: 887257-887317 [-] Ensembl Mir-2-P3 supercont1.268: 888595-888663 [-] Ensembl Mir-2-P2b supercont1.268: 888744-888807 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-71 supercont1.268: 889383-889449 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Aae-Mir-2-P1-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAACUCACGCUGCUGAGUGGCAUGCGUUGGCAUCAAAUUUGGUUGUUUUAGUACGACCUCUUUGAAACCCCUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCAACGCACCACUCAUACUCACGAAUGCUUCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAACUCACGCUGCUGA---| CA G- U UU UACGACCUC GUGG UGCGUUG CAUCAAA UUGGUUGU UAG \ CACC ACGCAAC GUAGUUU GACCGACA AUC U GCUUCGUAAGCACUCAUACU^ -- GA C CU CCCAAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aae-Mir-2-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAUCAAAUUUGGUUGUUUUAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aae-Mir-2-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -65
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Aae-Mir-2-P1-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAACUCACGCUGCUGAGUGGCAUGCGUUGGCAUCAAAUUUGGUUGUUUUAGUACGACCUCUUUGAAACCCCUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCAACGCACCACUCAUACUCACGAAUGCUUCGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGAACUCACGCUGCUGA---| CA G- U UU GUACGACCUC GUGG UGCGUUG CAUCAAA UUGGUUGU UA \ CACC ACGCAAC GUAGUUU GACCGACA AU U GCUUCGUAAGCACUCAUACU^ -- GA C CU CCCCAAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Aae-Mir-2-P1-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCAUCAAAUUUGGUUGUUUUA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Aae-Mir-2-P1-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0014308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -65
Get sequence
|
