| MirGeneDB ID | Dan-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dan-mir-2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dan-Mir-2-P5 Dan-Mir-2-P6a Dan-Mir-2-P6b Dan-Mir-2-P6c Dan-Mir-2-P7 Dan-Mir-2-P8 Dan-Mir-2-P9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dlo-Mir-2-P1-v1 Dma-Mir-2-P1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P1-v1 Isc-Mir-2-P1 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_13340: 12827849-12827913 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1-v1) |
Mir-2-P2b1
scaffold_13340: 12827487-12827547 [-]
Ensembl
Mir-2-P2a scaffold_13340: 12827632-12827693 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 scaffold_13340: 12827849-12827913 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 scaffold_13340: 12827849-12827913 [-] Ensembl |
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| Variant | Dan-Mir-2-P1-v1 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGUAUCUACGAAUCUUACUUUCAAUGUCAUCAAAAAGGGCUGAAGAGAUAUUUCUGCAUUUGAAGUGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCAUUGCAAUAAGCCUAGAUUCCGAUUGAAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGACGUAUCUACGAAU---| C U - AAG AAGA UUUCUGCA CUUA UU CAAUGUC AUCAAA GGCUG GAUA \ GAAU AA GUUACGG UAGUUU CCGAC CUAU U UCAAAGUUAGCCUUAGAUCC^ - C G CGA A--- GUGAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-2-P1-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAAAGGGCUGAAGAGAUA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-2-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UCACAGCCAGCUUUGAUGGGCA -65
Get sequence
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| Variant | Dan-Mir-2-P1-v2 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGACGUAUCUACGAAUCUUACUUUCAAUGUCAUCAAAAAGGGCUGAAGAGAUAUUUCUGCAUUUGAAGUGUAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCAUUGCAAUAAGCCUAGAUUCCGAUUGAAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGACGUAUCUACGAAU---| C U - AAG AAGA UUCUGCA CUUA UU CAAUGUC AUCAAA GGCUG GAUAU \ GAAU AA GUUACGG UAGUUU CCGAC CUAUG U UCAAAGUUAGCCUUAGAUCC^ - C G CGA A--- UGAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dan-Mir-2-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAAAGGGCUGAAGAGAUAUU -26
Get sequence
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| Mature sequence | Dan-Mir-2-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0008442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGGGCA -65
Get sequence
|
