MirGeneDB ID | Aae-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aae-mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cgi-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Esc-Mir-71 Hme-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Pmi-Mir-71 Sko-Mir-71 Sme-Mir-71-P16a Sme-Mir-71-P16b Sme-Mir-71-P17 Sme-Mir-71-P18 Sme-Mir-71-P19 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.268: 889383-889449 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-2-P4-v1
supercont1.268: 887257-887317 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 supercont1.268: 887257-887317 [-] Ensembl Mir-2-P3 supercont1.268: 888597-888663 [-] Ensembl Mir-2-P2 supercont1.268: 888744-888807 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-71 supercont1.268: 889383-889449 [-] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUCCUCCUAUCGGUACGGUAUUUGGCGGCAAGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUAGUUUCACCCUAUUGCACUGGGAUCUCACUACCUUGUCUUUCAUGCUGAUGAAUACAUAAUUUUGCGCGAAAGCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCCUCCUAUCGGUACG--| GG A U AGUUUCACCC GUAUUU CGGCA GAAAGACA GGGUAGUGAGAU U CAUAAG GUCGU CUUUCUGU UCCAUCACUCUA A GCGAAAGCGCGUUUUAAUA^ UA A - GGGUCACGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aae-Mir-71_5p |
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mirBase accession | MIMAT0014220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUA -23
Get sequence
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Star sequence | Aae-Mir-71_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0014221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- UCUCACUACCUUGUCUUUCAUG -67
Get sequence
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