| MirGeneDB ID | Aae-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aae-Mir-2-P2b Aae-Mir-2-P4-v1 Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aae-Mir-2-P7 Aae-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.268: 888595-888663 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3) |
Mir-2-P4-v1
supercont1.268: 887257-887317 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 supercont1.268: 887257-887317 [-] Ensembl Mir-2-P3 supercont1.268: 888595-888663 [-] Ensembl Mir-2-P2b supercont1.268: 888744-888807 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-71 supercont1.268: 889383-889449 [-] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACACCCGAUGAAAUAUGGGAACUGUUUCCACUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUGAGUUACUCUUGAACGAUCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAAGAGCGAAACGGUUUCUCGCAGCUACGAGCAGGGAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AACACCCGAUGAAAUAU--- CA - -| A AGUUACUCU GGGAACUGUUUC CUC UCAAAG UGGUUGUGA AUG \ UCUUUGGCAAAG GAG AGUUUC ACCGACACU UAC U UGAGGGACGAGCAUCGACGC C- A G^ A UCUAGCAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-2-P3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUCAAAGUGGUUGUGAAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-2-P3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UAUCACAGCCAGCUUUGAAGAGCGA -69
Get sequence
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