| MirGeneDB ID | Dlo-Mir-2-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Braconid wasp (Diachasmimorpha longicaudata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dlo-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2b Dlo-Mir-2-P5 Dlo-Mir-2-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Csc-Mir-2-P3n Csc-Mir-2-P3o Dan-Mir-2-P3a-v1 Dan-Mir-2-P3b Dma-Mir-2-P3 Dme-Mir-2-P3a Dme-Mir-2-P3b Dmo-Mir-2-P3b Dpu-Mir-2-P3 Dsi-Mir-2-P3a Dsi-Mir-2-P3b Dya-Mir-2-P3a Dya-Mir-2-P3b Gpa-Mir-2-P3a Gpa-Mir-2-P3b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3l Lpo-Mir-2-P3m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_034640455.1_iyDiaLong2_genomic) |
NC_087235.1: 3200363-3200424 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3-v1) |
Mir-71
NC_087235.1: 3199632-3199694 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v1 NC_087235.1: 3199844-3199898 [+] Ensembl Mir-2-P1-v2 NC_087235.1: 3199844-3199898 [+] Ensembl Mir-2-P2a NC_087235.1: 3200022-3200076 [+] Ensembl Mir-2-P2b NC_087235.1: 3200200-3200258 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 NC_087235.1: 3200363-3200424 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 NC_087235.1: 3200363-3200424 [+] Ensembl Mir-67-P15-v1 NC_087235.1: 3201487-3201550 [+] Ensembl Mir-67-P15-v2 NC_087235.1: 3201488-3201549 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dlo-Mir-2-P3-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGACGAGGACGAAGAUAGCUGCGUCGCUCACAGAGUGGCUGUUGUAUGUGGUGGAUUUUUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGUCGCGACAUCUUGAAUUCAAUGAUUAUCGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGGACGAGGACGAA--- AGC U - -| U UGGUGG GAU UGCG CGCUCA CAGAG UGGCUGU GUAUG A CUA GCGC GCGAGU GUUUC ACCGACA UAUAC U AGCUAUUAGUAACUUAAGUU CA- U A G^ C UUUUUU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dlo-Mir-2-P3-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACAGAGUGGCUGUUGUAUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dlo-Mir-2-P3-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -62
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dlo-Mir-2-P3-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGGACGAGGACGAAGAUAGCUGCGUCGCUCACAGAGUGGCUGUUGUAUGUGGUGGAUUUUUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCGUCGCGACAUCUUGAAUUCAAUGAUUAUCGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGGACGAGGACGAA--- AGC U - -| U GUGGUGG GAU UGCG CGCUCA CAGAG UGGCUGU GUAU A CUA GCGC GCGAGU GUUUC ACCGACA UAUA U AGCUAUUAGUAACUUAAGUU CA- U A G^ C CUUUUUU 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dlo-Mir-2-P3-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACAGAGUGGCUGUUGUAU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dlo-Mir-2-P3-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCG -62
Get sequence
|
