| MirGeneDB ID | Lpo-Mir-2-P3l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Lpo-Mir-2-P3g Lpo-Mir-2-P3h Lpo-Mir-2-P3i Lpo-Mir-2-P3k Lpo-Mir-2-P3m Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P3 Bge-Mir-2-P3-v1 Cbr-Mir-2-o3 Cel-Mir-2-o3 Dlo-Mir-2-P3-v1 Dma-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P3 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P3-v1 Isc-Mir-2-P3 Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013666934.1: 93277-93337 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P3l) |
Mir-71-P12
NW_013666934.1: 89649-89707 [+]
Ensembl
Mir-2-P1l NW_013666934.1: 91324-91386 [+] Ensembl Mir-2-P2l NW_013666934.1: 92420-92479 [+] Ensembl Mir-2-P3l NW_013666934.1: 93277-93337 [+] Ensembl Mir-2-P4l NW_013666934.1: 100459-100519 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCUGGAUGUUUGAAGUUGAACCCGCCCCACUCACAAAGUGACUGUUAUAUGUAGAGCUAGUUUUCAUAUCACAGCCAACUUUGAUGAGUGAGGAGGGUAAAUGGAAACACUUCAGUUGCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCUGGAUGUUUGAAGUUGA-- G C - GA-| U UAGAGC ACCC CC CACUCA CAAAGU CUGU AUAUG \ UGGG GG GUGAGU GUUUCA GACA UAUAC U UCGUUGACUUCACAAAGGUAAA A A A ACC^ C UUUUGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Drosha cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lpo-Mir-2-P3l_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCACAAAGUGACUGUUAUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lpo-Mir-2-P3l_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAACUUUGAUGAGUG -61
Get sequence
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