| MirGeneDB ID | Aae-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Yellow fever mosquito (Aedes aegypti) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aae-mir-2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aae-Mir-2-P2b Aae-Mir-2-P3 Aae-Mir-2-P5a Aae-Mir-2-P5b Aae-Mir-2-P7 Aae-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Aaeg_L3) |
supercont1.268: 887257-887317 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4-v1) |
Mir-2-P4-v1
supercont1.268: 887257-887317 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 supercont1.268: 887257-887317 [-] Ensembl Mir-2-P3 supercont1.268: 888595-888663 [-] Ensembl Mir-2-P2b supercont1.268: 888744-888807 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 supercont1.268: 889091-889155 [-] Ensembl Mir-71 supercont1.268: 889383-889449 [-] Ensembl |
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| Variant | Aae-Mir-2-P4-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUGCUCGCCAUUAAAGGGCGUAUUCUAGACUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUGGUUUUAUUUUGCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUGGACUGCGCACCACGUUCAACGAAGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAUGCUCGCCAUUAAAGG- U A - -| A GUUUUA GCGUA UCUAG CUC UCAAAG UGGCUGUGA AUG \ CGCGU AGGUC GAG AGUUUC ACCGACACU UAC U UAGUGAAGCAACUUGCACCA C - U G^ A UCGUUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-2-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-2-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -61
Get sequence
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| Variant | Aae-Mir-2-P4-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAUGCUCGCCAUUAAAGGGCGUAUUCUAGACUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUGGUUUUAUUUUGCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUGGACUGCGCACCACGUUCAACGAAGUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAUGCUCGCCAUUAAAGG- U A - -| AAUGGUUUUA GCGUA UCUAG CUC UCAAAG UGGCUGUGA \ CGCGU AGGUC GAG AGUUUC ACCGACACU U UAGUGAAGCAACUUGCACCA C - U G^ AUACUCGUUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aae-Mir-2-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCUCAAAGUGGCUGUGAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Aae-Mir-2-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGC -61
Get sequence
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