| MirGeneDB ID | Lhy-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Aga-Mir-71 Agr-Mir-71 Asu-Mir-71 Ava-Mir-71-P20 Ava-Mir-71-P21 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dgr-Mir-71 Dlo-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Egr-Mir-71 Esc-Mir-71 Gsa-Mir-71-o7 Gsa-Mir-71-o8 Hme-Mir-71 Hru-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Llo-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Mgi-Mir-71 Mom-Mir-71 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ofu-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pau-Mir-71 Pca-Mir-71 Pcr-Mir-71-v1 Pdu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Ple-Mir-71 Pmi-Mir-71 Pve-Mir-71 Rph-Mir-71 Sko-Mir-71 Sma-Mir-71-o5 Sma-Mir-71-o6 Sme-Mir-71-o1a Sme-Mir-71-o1b Sme-Mir-71-o2 Sme-Mir-71-o3 Sme-Mir-71-o4 Snu-Mir-71 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 Tur-Mir-71-P6a Tur-Mir-71-P6b War-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold155753_41.9: 2279-2337 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-2-o84
scaffold155753_41.9: 968-1026 [-]
Ensembl
Mir-2-o83 scaffold155753_41.9: 1118-1176 [-] Ensembl Mir-2-o82 scaffold155753_41.9: 1300-1355 [-] Ensembl Mir-2-o81 scaffold155753_41.9: 1524-1583 [-] Ensembl Mir-2-P12 scaffold155753_41.9: 1702-1759 [-] Ensembl Mir-2-o80 scaffold155753_41.9: 2057-2118 [-] Ensembl Mir-71 scaffold155753_41.9: 2279-2337 [-] Ensembl |
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| Seed | GAAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGGUUUAUUUGGAUGUUCGAUUUCUCUUGUGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUGCUGCGUAAGACCGUCUCAGUACUCUGUCUUUUCGCACGAUGAAUUGAUUUGGCAGCGCCGACAAUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGGUUUAUUUGGAUGU-- C U -| U G CUGCG UCGAUUU UC UGUG AAAGACA GGGUA UGAGAUG \ AGUUAAG AG ACGC UUUCUGU CUCAU ACUCUGC U GUAACAGCCGCGACGGUUU U C U^ - G CAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lhy-Mir-71_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAAAGACAUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Lhy-Mir-71_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UCUCAGUACUCUGUCUUUUCGCA -59
Get sequence
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