| MirGeneDB ID | Lhy-Mir-2-o80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lhy-Mir-2-o81 Lhy-Mir-2-o82 Lhy-Mir-2-o83 Lhy-Mir-2-o84 Lhy-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. hyalina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold155753_41.9: 2057-2118 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o80) |
Mir-2-o84
scaffold155753_41.9: 968-1026 [-]
Ensembl
Mir-2-o83 scaffold155753_41.9: 1118-1176 [-] Ensembl Mir-2-o82 scaffold155753_41.9: 1300-1355 [-] Ensembl Mir-2-o81 scaffold155753_41.9: 1524-1583 [-] Ensembl Mir-2-P12 scaffold155753_41.9: 1702-1759 [-] Ensembl Mir-2-o80 scaffold155753_41.9: 2057-2118 [-] Ensembl Mir-71 scaffold155753_41.9: 2279-2337 [-] Ensembl |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCAGCCCACAAGACAUUGGGUGUCGUGGACCAUCAAUGCUGGGUGUAAUAGUCCGACGGUCGCUUCUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCCAUGUUCGUCCAAGAACCGUCGACGAGCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCGCAGCCCACAAGACA- GU U-| AC U G A GUCCGAC UUGG G CGUGG CAUCAA GCUGG UGU AUA G AACC C GUACC GUAGUU CGACC ACA UAU G CUCCGAGCAGCUGCCAAG UG UU^ GA U G C CUUCGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lhy-Mir-2-o80_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCAUCAAUGCUGGGUGUAAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Lhy-Mir-2-o80_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCC -62
Get sequence
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