| MirGeneDB ID | Hme-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-71 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCACUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-71 Asu-Mir-71 Bfl-Mir-71 Bge-Mir-71 Bla-Mir-71 Cbr-Mir-71 Cel-Mir-71 Cgi-Mir-71 Csc-Mir-71-P14 Csc-Mir-71-P15 Cte-Mir-71 Dma-Mir-71 Dpu-Mir-71 Efe-Mir-71-P1 Efe-Mir-71-P2 Efe-Mir-71-P3 Esc-Mir-71 Isc-Mir-71 Lan-Mir-71-P4 Lan-Mir-71-P5 Lgi-Mir-71 Lpo-Mir-71-P7 Lpo-Mir-71-P8 Lpo-Mir-71-P9 Lpo-Mir-71-P10 Lpo-Mir-71-P11 Lpo-Mir-71-P12 Lpo-Mir-71-P13 Npo-Mir-71 Obi-Mir-71 Ovu-Mir-71 Pfl-Mir-71 Pmi-Mir-71 Sko-Mir-71 Sme-Mir-71-P16a Sme-Mir-71-P16b Sme-Mir-71-P17 Sme-Mir-71-P18 Sme-Mir-71-P19 Spu-Mir-71 Tca-Mir-71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 336024-336085 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-71) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2c HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2d HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCGACCGCAACCGAGUAGCUCUCUGCCUCACGAAAGACUUGGGUAGUGAGAUGUCCUGGCACAUCAAAAUUCUCACUACCUUGUCUUUCAUGCGGAUAGAGCACAUUCUUCGUUACCGAUUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCGACCGCAACCGAGUA---| CUG U C UU UGUCCUGGC GCUCU CC CA GAAAGAC GGGUAGUGAGA \ CGAGA GG GU CUUUCUG UCCAUCACUCU A AUUAGCCAUUGCUUCUUACA^ UA- C A U- UAAAACUAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Hme-Mir-71_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGAAAGACUUGGGUAGUGAGAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Hme-Mir-71_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0024985 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCUCACUACCUUGUCUUUCAUG -62
Get sequence
|
