| MirGeneDB ID | Hme-Mir-2-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-2-P1-v1 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P2b Hme-Mir-2-P3-v1 Hme-Mir-2-P4 Hme-Mir-2-P7 Hme-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P1-v1 Bge-Mir-2-P1-v1 Csc-Mir-2-P1n Csc-Mir-2-P1o Dan-Mir-2-P1-v1 Dlo-Mir-2-P1-v1 Dma-Mir-2-P1 Dme-Mir-2-P1-v1 Dmo-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P1 Dsi-Mir-2-P1-v1 Dya-Mir-2-P1-v1 Gpa-Mir-2-P1-v1 Gsp-Mir-2 Isc-Mir-2-P1 Lpo-Mir-2-P1g Lpo-Mir-2-P1h Lpo-Mir-2-P1i Lpo-Mir-2-P1j Lpo-Mir-2-P1k Lpo-Mir-2-P1l Lpo-Mir-2-P1m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P1-v2) |
Mir-71
HE671256: 336024-336085 [+]
Ensembl
Mir-2-P1-v2 HE671256: 344481-344540 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 HE671256: 344483-344538 [+] Ensembl Mir-2-P2a HE671256: 344637-344695 [+] Ensembl Mir-2-P2b HE671256: 344775-344830 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 HE671256: 344897-344955 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 HE671256: 344898-344954 [+] Ensembl Mir-2-P4 HE671256: 345032-345089 [+] Ensembl |
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| Variant | Hme-Mir-2-P1-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCAGAUGUCUGCACUGAAUGUGGUCCUGUCAUCAAAGUCGGUUUGUCAUAGAUCACCACGUAACUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCACGACUGCAUUUGUCACACCAUAUCAACCAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCAGAUGUCUGCACU-- UG C -| C U C GAUCAC GAAUG GUC UG UCAUCAAAGU GGUU GU AUA C UUUAC CAG AC AGUAGUUUCG CCGA CA UAU A AACCAACUAUACCACACUG GU C G^ A - C CAAUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-2-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAUCAAAGUCGGUUUGUCAUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-2-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCACAGCCAGCUUUGAUGAGCA -60
Get sequence
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| Variant | Hme-Mir-2-P1-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGAUGUCUGCACUGAAUGUGGUCCUGUCAUCAAAGUCGGUUUGUCAUAGAUCACCACGUAACUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCACGACUGCAUUUGUCACACCAUAUCAACCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGAUGUCUGCACUGA-- UG C -| C U C AUCAC AUG GUC UG UCAUCAAAGU GGUU GU AUAG C UAC CAG AC AGUAGUUUCG CCGA CA UAUC A CCAACUAUACCACACUGUU GU C G^ A - C AAUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-2-P1-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCAAAGUCGGUUUGUCAUAGA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-2-P1-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAG -56
Get sequence
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