| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-2-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P1 Dpu-Mir-2-P3 Dpu-Mir-2-P4 Dpu-Mir-2-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2b Csc-Mir-2-P2n Csc-Mir-2-P2o Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Hme-Mir-2-P2b Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2a Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2) |
Mir-71
DAPPUscaffold_80: 240430-240495 [+]
Ensembl
Mir-2-P1 DAPPUscaffold_80: 240557-240644 [+] Ensembl Mir-2-P2 DAPPUscaffold_80: 240731-240792 [+] Ensembl Mir-2-P3 DAPPUscaffold_80: 240864-240934 [+] Ensembl Mir-2-P4 DAPPUscaffold_80: 241044-241106 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAAAGACAUUUGACGCAUUUGCGCCGCUCGUCGGAAAGGCUGUGGUGUGUUGCCAUUUUACAAUUUCAUAUCACAGCCAUUCUAGAUGCGCGGAGCUGCCGGAAGACGCAGAGAAAUUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAAAGACAUUUGACGCAUUU-- G U -| A UUGCCAUU GC CCGC CGUC GGAA GGCUGUGGUGUG \ CG GGCG GUAG UCUU CCGACACUAUAC U AGUUAAAGAGACGCAGAAGGCCGU A C A^ A UUUAACAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-2-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCGGAAAGGCUGUGGUGUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-2-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAUCACAGCCAUUCUAGAUGCG -62
Get sequence
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