MirGeneDB ID | Dma-Mir-2-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUAAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dma-Mir-2-o1 Dma-Mir-2-P1 Dma-Mir-2-P2 Dma-Mir-2-P3 Dma-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2 Bge-Mir-2-P2 Csc-Mir-2-P2o Dan-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dme-Mir-2-P2a Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Hme-Mir-2-P2c Hme-Mir-2-P2d Lpo-Mir-2-P2g Lpo-Mir-2-P2h Lpo-Mir-2-P2j Lpo-Mir-2-P2l Lpo-Mir-2-P2m Tca-Mir-2-P2e Tca-Mir-2-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046178.1: 1060033-1060091 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUCAUUCUGGCUUCUGGAGUUUUUUAUUUCAGAUAAUUUUGUCUGUGAAAUGCUGUUUAUGUGACAUAUCACAGAUGCAAUUAAUCUGAAUUUUUUAGCUCAAUAACAUCCAUUAUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUCAUUCUGGCUUCUGG-- UUUUAU -| U A CUGUU AGUU UUCAGA UAAUU UGUCUGUGA AUG U UCGA AAGUCU AUUAA GUAGACACU UAC A CUAUAUUACCUACAAUAAC UUUUUU A^ C A AGUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dma-Mir-2-o2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGAUAAUUUUGUCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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Star sequence | Dma-Mir-2-o2_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAUCACAGAUGCAAUUAAUCUGA -59
Get sequence
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