| MirGeneDB ID | Tca-Mir-2-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red flour beetle (Tribolium castaneum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tca-mir-13a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tca-Mir-2-P1-v1 Tca-Mir-2-P2b Tca-Mir-2-P3-v1 Tca-Mir-2-P4-v1 Tca-Mir-2-P5c Tca-Mir-2-P5d Tca-Mir-2-P5e Tca-Mir-2-P7 Tca-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aga-Mir-2-P2a Bge-Mir-2-P2a Dan-Mir-2-P2a Dlo-Mir-2-P2a Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2a Dmo-Mir-2-P2a Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2a Dya-Mir-2-P2a Gpa-Mir-2-P2a Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2a Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tcas5.2) |
LG3: 560954-561011 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2a) |
Mir-3842
LG3: 559294-559352 [+]
Ensembl
Mir-71 LG3: 560714-560776 [+] Ensembl Mir-2-P1-v1 LG3: 560832-560890 [+] Ensembl Mir-2-P1-v2 LG3: 560833-560889 [+] Ensembl Mir-2-P2a LG3: 560954-561011 [+] Ensembl Mir-2-P2b LG3: 561066-561124 [+] Ensembl Mir-2-P3-v2 LG3: 561198-561260 [+] Ensembl Mir-2-P3-v1 LG3: 561200-561258 [+] Ensembl Mir-2-P4-v2 LG3: 561348-561412 [+] Ensembl Mir-2-P4-v1 LG3: 561350-561410 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAGAGAAGAAGUUGUGGAGAUGCCCAAGUCGUCAAUUUGGUUGUGAACUCUUAAUUUAAACGAUAUCACAGCCACUUUGAUGAGCUUGGUUGUCUUUAAAGUCAUCAGUUCGACGUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGAGAAGAAGUUGU-- GC -| UU AC UUAAU GGAGAU CCAAG UCGUCAA UGGUUGUGA UC \ UUUCUG GGUUC AGUAGUU ACCGACACU AG U UGCAGCUUGACUACUGAAA UU G^ UC AU CAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tca-Mir-2-P2a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0019103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCGUCAAUUUGGUUGUGAACUC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tca-Mir-2-P2a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0008359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UAUCACAGCCACUUUGAUGAGCU -58
Get sequence
|
