MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aga-mir-13b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-2-P2b Bge-Mir-2-P2b Dan-Mir-2-P2b1 Dan-Mir-2-P2b2 Dlo-Mir-2-P2b Dma-Mir-2-o2 Dma-Mir-2-P2 Dme-Mir-2-P2b1 Dme-Mir-2-P2b2 Dmo-Mir-2-P2b1 Dmo-Mir-2-P2b2 Dpu-Mir-2-o2 Dpu-Mir-2-P2 Dsi-Mir-2-P2b1 Dsi-Mir-2-P2b2 Dya-Mir-2-P2b1 Dya-Mir-2-P2b2 Gpa-Mir-2-P2b Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P2b Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neoptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P2b) |
Mir-2-P4-v1
NC_064601.1: 106556282-106556351 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 NC_064601.1: 106556284-106556349 [-] Ensembl Mir-2-P3 NC_064601.1: 106556572-106556654 [-] Ensembl Mir-2-P2b NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl Mir-2-P2a NC_064601.1: 106557252-106557346 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-71 NC_064601.1: 106558703-106558794 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGAAAAACAGGGGCUGCUCGUGGUCAGGUCGUAAAAAUGGUUGUGCCGUGUCGAUUUAAGAAAAGUUCAUAUCACAGCCAUUUUGACGAGUUUGACCACUCUUGAGCAAUGUACAGCGUGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGAAAAACAGGGGCUGCUC-- -| A CC UCGAUUUA GUGGUCAGG UCGU AAAAUGGUUGUG GUG \ CACCAGUUU AGCA UUUUACCGACAC UAC A GGGUGCGACAUGUAACGAGUUCU G^ G UA UUGAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Aga-Mir-2-P2b_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCGUAAAAAUGGUUGUGCCGUG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Aga-Mir-2-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UAUCACAGCCAUUUUGACGAGUU -64
Get sequence
|