| MirGeneDB ID | Aga-Mir-2-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African malaria mosquito (Anopheles gambiae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | aga-mir-2-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Aga-Mir-2-P1-v1 Aga-Mir-2-P2a Aga-Mir-2-P2b Aga-Mir-2-P3 Aga-Mir-2-P4-v1 Aga-Mir-2-P5a1 Aga-Mir-2-P5a2 Aga-Mir-2-P5b Aga-Mir-2-P7 Aga-Mir-2-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-2-P4-v1 Bge-Mir-2-P4-v1 Cbr-Mir-2-o4 Cel-Mir-2-o4 Csc-Mir-2-P4n Csc-Mir-2-P4o Dan-Mir-2-P4a-v1 Dan-Mir-2-P4b-v1 Dma-Mir-2-P4 Dme-Mir-2-P4a-v1 Dme-Mir-2-P4b-v1 Dmo-Mir-2-P4a-v1 Dmo-Mir-2-P4b-v1 Dpu-Mir-2-P4 Dsi-Mir-2-P4a-v1 Dsi-Mir-2-P4b-v1 Dya-Mir-2-P4a-v1 Dya-Mir-2-P4b-v1 Gpa-Mir-2-P4a-v1 Gpa-Mir-2-P4b-v1 Gsp-Mir-2 Hme-Mir-2-P4 Isc-Mir-2-P4 Lpo-Mir-2-P4h Lpo-Mir-2-P4i Lpo-Mir-2-P4j Lpo-Mir-2-P4k Lpo-Mir-2-P4l Ple-Mir-2 Tca-Mir-2-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_943734735.2_idAnoGambNW_F1_1_genomic) |
NC_064601.1: 106556284-106556349 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-P4-v2) |
Mir-2-P4-v1
NC_064601.1: 106556282-106556351 [-]
Ensembl
Mir-2-P4-v2 NC_064601.1: 106556284-106556349 [-] Ensembl Mir-2-P3 NC_064601.1: 106556572-106556654 [-] Ensembl Mir-2-P2b NC_064601.1: 106556743-106556806 [-] Ensembl Mir-2-P2a NC_064601.1: 106557252-106557346 [-] Ensembl Mir-2-P1-v1 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-2-P1-v2 NC_064601.1: 106557875-106557936 [-] Ensembl Mir-71 NC_064601.1: 106558703-106558794 [-] Ensembl |
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| Variant | Aga-Mir-2-P4-v2 |
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| Seed | CACAGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUCUCGGUACAAACGCAUGUCCUGUCUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUGGUGCACUUUCGAUCCGAUAUCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGCCGUGUGACGCUUUCGCCUAAAGGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUCUCUCGGUACAAAC-- U U - -| A GGUGCACUUUC GCAUG CCUG CUC UCAAAG UGGCUGUGA AU G UGUGC GGAU GAG AGUUUC ACCGACACU UA A UGGAAAUCCGCUUUCGCAG C C U G^ A CUCUAUAGCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2-P4-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAAAGUGGCUGUGAAAUG -20
Get sequence
|
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| Mature sequence | Aga-Mir-2-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UCACAGCCAGCUUUGAUGAG -66
Get sequence
|
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| Variant | Aga-Mir-2-P4-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUUUCUCUCGGUACAAACGCAUGUCCUGUCUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUGGUGCACUUUCGAUCCGAUAUCUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCUAGGCCGUGUGACGCUUUCGCCUAAAGGUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUUUCUCUCGGUACAAA-- U U - -| A GUGCACUUUC CGCAUG CCUG CUC UCAAAG UGGCUGUGA AUG G GUGUGC GGAU GAG AGUUUC ACCGACACU UAC A GUUGGAAAUCCGCUUUCGCA C C U G^ A UCUAUAGCCU . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Aga-Mir-2-P4-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCUCAAAGUGGCUGUGAAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Aga-Mir-2-P4-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009202 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
46- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGAGCU -70
Get sequence
|
