| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-23b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-23-P3 Xtr-Mir-23-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P2 Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cja-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpi-Mir-23-P2 Cpo-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Dre-Mir-23-P2a Dre-Mir-23-P2b Eca-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Gmo-Mir-23-P2b Hsa-Mir-23-P2 Laf-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mal-Mir-23-P2a Mal-Mir-23-P2b Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmr-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Neu-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pab-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Tni-Mir-23-P2b Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr1: 123463489-123463548 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2) |
Mir-23-P2
chr1: 123463489-123463548 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2 chr1: 123463716-123463778 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2 chr1: 123464320-123464378 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAGUUUUGUAAUACCGGUGUGGCUGUUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGAGUUAAGAUUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACACAACCAUGUCCUUGGCGACUCGCAUGGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAGUUUUGUAAUACC-- GU C U -- -| C GUGAGU G GUGG UGU UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U C UACC ACA ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A AAGGUACGCUCAGCGGUUC UG A C AU U^ - AUUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xtr-Mir-23-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Xtr-Mir-23-P2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0003673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-23b |
