| MirGeneDB ID | Xla-Mir-23-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P3c Xla-Mir-23-P3d Xla-Mir-23-P4c Xla-Mir-23-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-23-P2 Ami-Mir-23-P2 Bta-Mir-23-P2 Cfa-Mir-23-P2 Cja-Mir-23-P2 Cli-Mir-23-P2 Cmi-Mir-23-P2 Cpi-Mir-23-P2 Cpo-Mir-23-P2 Dno-Mir-23-P2 Eca-Mir-23-P2 Ete-Mir-23-P2 Gga-Mir-23-P2 Gja-Mir-23-P2 Hsa-Mir-23-P2 Laf-Mir-23-P2 Lch-Mir-23-P2 Loc-Mir-23-P2 Mdo-Mir-23-P2 Mml-Mir-23-P2 Mmr-Mir-23-P2 Mmu-Mir-23-P2 Mun-Mir-23-P2 Neu-Mir-23-P2 Oan-Mir-23-P2 Ocu-Mir-23-P2 Pab-Mir-23-P2 Pbv-Mir-23-P2 Pma-Mir-23-o2 Rno-Mir-23-P2 Sha-Mir-23-P2 Spt-Mir-23-P2 Sto-Mir-23-P2 Tgu-Mir-23-P2 Xtr-Mir-23-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 110864189-110864248 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P2d) |
Mir-23-P2d
NC_030725.1: 110864189-110864248 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P2d NC_030725.1: 110864416-110864478 [+] UCSC Ensembl Mir-24-P2d NC_030725.1: 110864858-110864916 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAAGUUUUGUACUAACGGUGUGGCUGUUUGGGUUCCUGGCAUGCUGAUUUGUGAGUUAAGAUUAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACACAACCAUGUCCUUGGCAACCCUCCUGGAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAGUUUUGUACUAAC-- GU C U -- -| C GUGAGU G GUGG UGU UGG GUUCCUGGC AUG UGAUUU U C UACC ACA ACC UAGGGACCG UAC ACUAAA A AAGGUCCUCCCAACGGUUC UG A C AU U^ - AUUAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Xla-Mir-23-P2d_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGUUCCUGGCAUGCUGAUUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Xla-Mir-23-P2d_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
|
