MirGeneDB ID | Xla-Mir-23-P3c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xla-mir-23a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-23-P2c Xla-Mir-23-P2d Xla-Mir-23-P3d Xla-Mir-23-P4c Xla-Mir-23-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-23-P3 Ami-Mir-23-P3 Bta-Mir-23-P3 Cfa-Mir-23-P3 Cpi-Mir-23-P3 Cpo-Mir-23-P3 Dno-Mir-23-P3 Dre-Mir-23-P3 Ete-Mir-23-P3 Gja-Mir-23-P3 Gmo-Mir-23-P3 Hsa-Mir-23-P3 Lch-Mir-23-P3 Mal-Mir-23-P3 Mdo-Mir-23-P3 Mml-Mir-23-P3 Mmu-Mir-23-P3 Oan-Mir-23-P3 Ocu-Mir-23-P3 Pbv-Mir-23-P3 Rno-Mir-23-P3 Sha-Mir-23-P3 Sto-Mir-23-P3 Tgu-Mir-23-P3 Tni-Mir-23-P3 Xtr-Mir-23-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030728.1: 133946064-133946127 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P3c) |
Mir-23-P3c
NC_030728.1: 133946064-133946127 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-24-P3c NC_030728.1: 133946953-133947013 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACCCGUGGCCCUUCUUGCUGCCGACAGCGGGGGAUUCCUGGAGAUGGGAUUUUAUUUUUGCAGCCAAUAAAUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAACUGUCGGCUGCCCGGUCAGCGGCGCAACUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACCCGUGGCCCUUCUU--| U CG GG AG G UAUUUUU GC GCCGACAG GG AUUCCUGG AUG GAUUU G CG CGGCUGUC CC UAGGGACC UAC CUAAA C UUCAACGCGGCGACUGGCC^ U AA UU GU A UAACCGA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Xla-Mir-23-P3c_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGGAUUCCUGGAGAUGGGAUUU -23
Get sequence
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Mature sequence | Xla-Mir-23-P3c_3p |
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mirBase accession | MIMAT0011145 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AUCACAUUGCCAGGGAUUUCCAA -64
Get sequence
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